В даний час структура Фундації включає три комітети із відповідними підкомітетами:

1. Комітет комплексних проблем соціально-економічного розвитку регіонів у складі якого виділені:

• Підкомітет соціально-економічного розвитку регіонів;
• Підкомітет розвитку регіональних соціально-культурних комплексів;
• Підкомітет розвитку регіональних інвестиційно-будівельних комплексів;
• Підкомітет нормативно-методичного забезпечення процесів управління регіональної і муніципальної власністю;
• Підкомітет проблем розвитку міжрегіонального економічного співробітництва та інтеграції.

2. Комітет економіки регіонального природокористування, у складі якого виділені:

• Підкомітет економіко-математичного моделювання регіонального природокористування;
• Підкомітет моніторингу процесів регіонального природокористування.

3. Комітет соціально-економічних проблем розвитку житлового комплексу, транспорту і зв'язку, у складі якого виділені:

• Підкомітет економіки житлово-комунального господарства;
• Підкомітет житлової політики та фінансово-економічних програм;
• Підкомітет маркетингових досліджень.